Las cobayas como roedores tienen un instinto que les hace huir, correr y buscar un escondite. Esto se debe a que su papel en la naturaleza suele ser el de «presa». Son animales bastante pacíficos, pero hábiles en salir corriendo y esconderse. Lo hacen instintivamente y no debemos preocuparnos si al principio huyen de nosotros. Sobretodo no debemos forzarlas, y acostumbrarlas desde bebés a la compañía humana.

Por tanto necesitaremos algún escondite para ellas, o acoplar en una esquina del recinto algo que tenga forma de escondite o tienda.