El suelo del recinto para cobayas debe ser de algún material que o bien, sea imposible de masticar, o que sea de un material comestible o masticable no tóxico. Para ello, contamos con gran variedad de alfombras. Éstas además procurarán un suelo blandito, que incluso podrá amortiguar algún más que posible trompazo.

También se recomienda poner encima de la alfombra relleno de paja, heno o virutas de madera, teniendo cuidado de las astillas.