Podemos educar a las cobayas para que hagan sus necesidades en una bandeja higiénica. Será muy bueno educarlas desde pequeñas para ello, para evitar tener que estar limpiando todo constantemente. Son animales de montaña y siempre va a haber algún que otro «accidente». Pero disponiéndoles de un lugar apropiado y enseñándoles con paciencia podremos evitarnos de limpiar mucho su recinto o alojamiento.